La zona a sud di Fossalta, oggi denominata Villanova Santa Margherita, era senz’altro antropizzata in epoca romana. Il luogo, infatti, si è rilvato il più fertile di ritrovamenti dell’intero territorio comunale, in particolare è stato rinvenuto un tesoretto di circa 260 denari in argento di epoca repubblicana oggi custodito presso il Museo Nazionale Concordiese di Portogruaro. Nella zona i vescovi di Concordia eressero, a difesa dei propri territori dalle invasioni barbariche, il castello di Mocumbergo infeudato prima ai signori di Varmo indi agli Squarra signori del vicino castello di Fratta; il castello andò in rovina sia per la mutata situazione politico-amministativa, sia perché questa zona era prevalentemente paludosa.

Giovanni Stuckj all’inizio del ‘900 acquistò questo vasto territorio, parte in comune di Fossalta e parte in Comune di Portogruaro, bonificato dai Persico precedenti proprietari. Riordinata la proprietà, seguendo le direttive dell’ agronomo Tito Poggi, Giovanni Stuckj e poi il di lui figlio Giancarlo, provvide alla costruzione di cantine, granai, macchine, stalle, mulini, creando un’azienda modello. Già nel 1913 risultano edificate la chiesa con il campanile ( quest’ultimo disegnato su modello del campanile di Caorle dall’ing. Samassa) e delle "bellissime scuole", oggi adibite in parte a casa canonica e ad attività ricreative. Intorno agli anni trentacinque- quaranta l’azienda passa nelle mani di Gaetano Marzotto il quale completa il disegno urbano di Villanova e avvia la trasformazione dell’azienda prevalentemente agricola ad industriale. Nel procedere in questa opera Marzotto provvede a tutti i bisogni degli operai e delle maestranze costruendo case, negozi, asilo infantile, poliambulatorio, mensa aziendale, casa di riposo, un albergo con piscina e strutture sportive e ricreative. Ancora oggi la famiglia Marzotto è proprietaria delle Industrie Zignago Santa Margherita che comprendono una vetreria, un linificio, e le cantine.
La chiesa conserva al proprio interno un Cristo in Croce pregevole mosaico del Fumagalli (1950 circa) che occupa tutta il catino dell’abside.
In località Sant'Antonio di assoluto interesse naturalistico l'antichissima quercia secolare.