Gli studi di insigni studiosi e archeologi, che riconobbero nei marmi di Venezia veri capolavori dell'arte antica, portarono al primo razionale riordino, nel 1895, a cura di Adolfo Venturi e Luciano Mariani, con distinzione di una sezione medioevale e moderna e di una classica. Reso disponibile per la donazione del re il Palazzo Reale nelle Procuratie Nuove (1919-20), alcune sue sale in continuazione della Libreria Vecchia vennero destinate a sede del nuovo Museo. Il Museo Archeologico di Venezia fu così ordinato nella sede attuale al primo piano delle Procuratie Nuove da Carlo Anti tra il 1923 e il 1926. Le statue, private in gran parte delle integrazioni dovute ai restauri cinquecenteschi, furono disposte in 12 sale, suddivise per epoche, per correnti artistiche e per soggetti, al fine di creare una panoramica della scultura classica greca e romana dal V sec. a.C. al III sec. d.C.. In una sala trovarono posto il medagliere, avori, gemme e piccoli bronzi. Tale sistemazione rimase pressoché inalterata nell'ampliamento del Museo attuato da Bruna Forlati tra 1949 e 1952, in seguito al deposito Correr del 1939. Ultima in ordine di tempo ad arricchire le raccolte veneziane fu la definitiva assegnazione all'Italia, nel 1961, nell'ambito degli accordi postbellici, di parte delle collezioni del Museo di San Donato di Zara, comprendenti ceramiche, vetri e gemme. Al 1982 si data infine la donazione di oggetti pre/protostorici in bronzo da parte di Giancarlo Ligabue. Successive parziali modifiche all'itinerario si resero necessarie sotto la direzione di Michele Tombolani, grazie al quale il Museo assunse l'aspetto attuale. E' da ricordare infine che il Museo ha accolto in tempi diversi oggetti provenienti dal territorio veneto, tra cui non indifferenti i ripostigli monetali di Meolo e Albaredo d'Adige, che hanno arricchito la già cospicua collezione numismatica.
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